細胞命運研究新工具的開發
新工具的開發是科學研究的重要組成,也是許多重大突破的重要前提。
Miguel A. Esteban、張必良和鮑習琛領銜的科研團隊利用點擊化學-核酸標記技術設計了RICK(Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry)技術,巧妙地將新合成的RNA標記上生物素,通過鏈黴親和素偶聯的磁珠,分離得到相應被標記RNA分子和與其相結合的蛋白分子。 該新技術將成為全面分析細胞內的RNA-蛋白相互作用的重要工具,有助於揭開基因組中的”暗物質”-非編碼RNA的未知功能(Nature Methods,2018)。
張小飛在Nature Protocols(2018)撰文報道了壹種泛素相互作用親和富集-質譜(簡稱”UbIA-MS”)的方法。該方法利用點擊化學和蛋白質譜聯用可以全面快速鑒定來自細胞裂解液中所有泛素鏈的相互作用蛋白。同時,該篇指南論文提供的數據分析軟件,可以用於快速地分析其他蛋白質譜相關數據,同時給出不同類型的數據圖表。
Ralf Jauch課題組將蛋白質工程和細胞重編程結合,在關鍵位點引入隨機化突變,篩選出功能增強的、可加速體細胞重編程的蛋白因子。利用這種方法,研究人員發現了數十種人工進化和增強的重編程因子。這些轉錄因子比傳統的轉錄因子在誘導體細胞重編程上表現更加優異。該研究為提高體細胞重編程效率和體細胞之間的直接相互轉化提供了新途徑(Stem Cell Reports,2018)。該課題組還首次實驗證明了轉錄因子FOXA1蛋白的新的二聚結合形式。轉錄因子蛋白FOXA1在細胞增殖、分化、胚胎成長、器官發育、腫瘤的產生與發展等過程中起著重要的作用。基因組測序結果顯示,在乳腺癌和肝癌細胞中FOXA1蛋白在二聚體基序上富集並能夠在PI3K信號通路被抑制的時候調控染色質動態變化。並進壹步篩選出能夠影響FOXA1二聚結合的與疾病相關的單核苷酸多態性(SNP),其中有著與骨質疏松及帕金森疾病相關的致病SNP,為未來相關疾病的研究治療提供了新的方向(Nucleic Acids Research,2018)。
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